Seit Mai 1998 fungiert das HSL als temporäres Sekretariat für die Initiative "Aktionskonzept Wasserwirtschaft" des Bundesministeriums für Bildung und Forschung (BMBF). Im Rahmen eines BMBF-Auftrags war das HSL zunächst in die Organisation und Moderation der BMBF-Wasserwirtschaftsgespräche eingebunden, in deren Verlauf zahlreiche Experten aus der hiesigen Wasser- und Abwasserszene in drei Arbeitsgruppen die nationale und internationale Wettbewerbsfähigkeit der deutschen Wasserwirtschaft analysierten. Deren Ergebnisse und Handlungsempfehlungen wurden als "Aktionskonzept: Nachhaltige und wettbewerbsfähige deutsche Wasserwirtschaft" auf einer Pressekonferenz der Fachverbände sowie als Fachberichte in Form einer BMBF-Broschüre veröffentlicht.

Zur Umsetzung der Empfehlungen in den Bereichen Forschung und Entwicklung einerseits sowie Aus- und Weiterbildung andererseits erhielt das HSL im Jahr 2000 einen Folgeauftrag, um in enger Abstimmung mit dem Projektträger für Wassertechnologie und Entsorgung (PtWT+E) am Forschungszentrum Karlsruhe entsprechende BMBF-Förderaktivitäten vorzubereiten. Inzwischen sind mit dem Verbundprojekt "Exportorientierte Forschung und Entwicklung auf dem Gebiet der Wasserver- und -entsorgung" sowie dem Stipendienprogramm "International Postgraduate Studies in Water Technologies (IPSWaT)" die ersten Maßnahmen angelaufen.